Çevre mühendisliği, kökeni antik uygarlıklara dayanan bir disiplin olmakla birlikte, modern anlamda 19. yüzyılda halk sağlığı mühendisliği kapsamında şekillenmiştir. Antik Roma’da kanalizasyon sistemleri ve su kemerleri gibi altyapılar bu alandaki ilk uygulamalardandır. 19. yüzyılın ortalarında, sanayi devriminin getirdiği hızlı kentleşme ve artan çevre kirliliği, içme suyu temini, atıksu arıtımı ve hijyen konularına yönelik sistemli çözümler gerektirmiştir. Bu dönemde özellikle kolera ve tifo salgınları, çevresel faktörlerin halk sağlığı üzerindeki etkisini gündeme getirmiştir. 20. yüzyılın ortalarından itibaren çevre bilincinin artması ve ekolojik dengenin korunmasına yönelik küresel çabalarla birlikte, çevre mühendisliği bağımsız ve çok disiplinli bir mühendislik alanı olarak gelişimini sürdürmüş; su, hava, toprak kirliliği, atık yönetimi, iklim değişikliği ve sürdürülebilirlik gibi alanlara odaklanarak küresel öneme sahip bir disiplin haline gelmiştir.