Çevre Mühendisliği bünyesinde doktora programı bulunmaktadır. Bu program, Fen Bilimleri Enstitüsü tarafından yönetilmekte olup, ilgili yönetmelik ve yönergeler çerçevesinde akademik süreçler titizlikle yürütülmektedir. doktora programları, tarafından yürütülmekte olup, ilgili yönetmelik ve yönergeler çerçevesinde akademik süreçler titizlikle yönetilmektedir. Doktora programları kapsamında öğrencilere ileri düzey teorik ve uygulamalı eğitim sunulmakta, araştırma projeleri ve akademik yayınlarla bilimsel katkı sağlamaları teşvik edilmektedir.
Doktora programını başarıyla tamamlayan mezunlar, akademik kariyer, özel sektör ve araştırma merkezlerinde çeşitli olanaklara sahiptir. Fakültemiz, doktora sonrası araştırmacılar için uluslararası akademik iş birlikleri, sanayi ile ortak projeler ve TÜBİTAK, Avrupa Birliği gibi fon kaynaklarına erişim imkânları sunarak mezunların kariyer gelişimlerini desteklemektedir. Ayrıca, doktora mezunları misafir araştırmacı programları, proje danışmanlıkları ve akademik mentorluk faaliyetlerine yönlendirilerek bilimsel çalışmalarını sürdürebilmektedir.