Harran Üniversitesi Veteriner Fakültesi, 5018 Sayılı Kamu Mali Yönetim ve Kontrol Kanunu gereğince Merkezi Yönetim kapsamında yer alan özel bütçeli kuruluş olup mali kaynakların kullanımında söz konusu yasa hükümlerine ve süreçlerine uygun olarak hareket etmektedir. Buna göre kalkınma planları ve programlarda yer alan politika ve hedefler doğrultusunda kamu kaynaklarının etkili, ekonomik ve verimli bir şekilde elde edilmesi ve kullanılmasını, hesap verebilirliği ve mali saydamlığı sağlamak üzere, kamu mali yönetiminin yapısını ve işleyişini, kamu bütçelerinin hazırlanmasını, uygulanmasını, tüm mali işlemlerin muhasebeleştirilmesini, raporlanmasını ve mali kontrolü düzenlemek amacıyla yürürlüğe konulan 5018 Sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu ile ikincil mevzuat doğrultusunda mali ve mali olmayan kaynakların yönetimi sağlanmaktadır.
Bütçenin hazırlanması, izlenmesi ve raporlanması ebütçe sistemi ile gerçekleştirilmektedir. Harcamalar ise KBS ve MYS otomasyon sistemi üzerinden gerçekleştirilmektedir. Bütçeleme ve harcama sürecinin her aşaması Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı tarafından denetlenmekte ve yönetim kademesine her aşamada tüm istatistiki veriler rapor edilebilmektedir.