Fakültemizde Sağlık Bilimleri Enstitüsü Bünyesinde 6 aktif, 1 pasif doktora programı bulunmaktadır. Doktora programlarına başvuru süreçleri sağlık bilimleri enstitüsü iş akışında belirtilmiştir. Fakültemizde enstitü bünyesinde aktif 28 doktora öğrencisi bulunmakta ve 2024 yılında 3 doktora mezunu bulunmaktadır. Ayrıca, doktora sonrası araştırma imkanları sunulmakta ve kurumun kendi mezunlarını işe alma politikası açıkça belirtilmektedir. Bu süreçler, programların etkinliğini ve akademik başarıyı artırmayı amaçlar. Fakültemizin lisansüstü başarının arttırılmasında doktora programlarının iyileştirilmesi ve yeni doktora programlarının açılması için çalışmalar devam etmektedir. 

Mevcut aktif doktora programlarımız aşağıda listelenmiştir. 

Hayvan Besleme ve Beslenme Hastalıkları 

Veterinerlik Mikrobiyolojisi

Veterinerlik Cerrahisi

Veterinerlik Farmakoloji ve Toksikolojisi 

Veterinerlik Doğum ve Jinekolojisi

Veterinerlik Zootekni