Harran Üniversitesi 5018 sayılı Kamu Maliye Yönetim ve Kontrol Kanunu 2 sayılı cetveline göre özel bütçeli kuruluş olup gelirleri kamu fonları ile kendi öz gelirlerinden oluşmaktadır. Finansal kaynak yönetimi, Hazine ve Maliye Bakanlığı ile Cumhurbaşkanlığı Strateji ve Bütçe Başkanlığı tarafından alt yapısı sağlanan, Bütçe Yönetim Enformasyon Sistemi (E-Bütçe), Bütünleşik Kamu Mali Yönetim Bilişim Sistemi (BKMYBS), Kamu Harcama ve Bilişim Sistemi (KBS) ve Kamu Yatırımları Bilgi Sistemi (Ka-Ya) gibi programlar üzerinden tüm harcama birimlerini kapsayacak şekilde yürütülmektedir. Bütçenin hazırlanması, izlenmesi ve raporlanması e-bütçe sistemi ile gerçekleştirilmektedir. Harcamalar ise KBS ve MYS otomasyon sistemi üzerinden gerçekleştirilmektedir. Bütçeleme ve harcama sürecinin her aşaması Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı tarafından denetlenmekte ve yönetim kademesine her aşamada tüm istatistiki veriler rapor edilebilmektedir.