Şanlıurfa İlahiyat Fakültesi, 27 Haziran 1987 tarihinde 3389 Sayılı Kanun’la ilk olarak Gaziantep Üniversitesi bünyesinde kuruldu ve 1988–1989 Akademik Yılında Şanlıurfa’da öğrenime başladı. Fakülte daha sonra 3 Temmuz 1992 tarihinde Harran Üniversitesi’nin kurulmasıyla beraber bu üniversiteye bağlı bir birim olarak faaliyet göstermeye başlamıştır. Fakülte, ilk olarak şehir merkezine oldukça yakın olan Yenişehir Yerleşkesi’nde yer alırken, 2003 yılında, şehir merkezine yaklaşık 25 km uzaklıkta kurulan Osmanbey Yerleşkesi’ne taşınmıştır.